Seit Mitte 2016 gibt es für Smartphones eine Handy-Signatur App, welche eine noch komfortablere Möglichkeit zur Verwendung der Handy-Signatur darstellt. Dabei wird die TAN nicht mittels SMS sondern in eine zuvor installierte App übermittelt. Als weitere Möglichkeit steht in der App die Funktion "speed-sign" zur Verfügung. Hierbei erfolgt das Auslösen der Signatur durch das Fotografieren eines QR-Codes und ersetzt damit die manuelle TAN Eingabe. Die Verwendung der Handy-Signatur mittels App wird automatisch von allen Diensten unterstützt, welche die Handy-Signatur verwenden.
Bei einigen Behördenverfahren ist bei einer elektronischen Antragstellung mittels Handy-Signatur die Gebühr um 40 Prozent ermäßigt.
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